Voor elk Natura 2000-gebied moet binnen drie jaar na aanwijzing een beheerplan worden opgesteld. Hierin staat wat er moet gebeuren om de natuurdoelen voor dat gebied te halen en wie dat gaat doen. Ook wordt hierin aangegeven welke activiteiten zonder vergunning in een gebied mogen plaats vinden. Beheerplannen worden opgesteld in nauw overleg met eigenaren, gebruikers en andere betrokken overheden, vooral gemeenten, waterschappen en provincies. In de meeste gevallen neemt de provincie het voortouw bij het opstellen van het beheerplan, in andere gevallen is dat het rijk, meestal Rijkswaterstaat.
Stadia beheerplannen
Ontwerp-beheerplannen
Op ontwerp-beheerplannen kan door eenieder een zienswijze ingediend worden. Hiervoor kan iedereen de relevante stukken digitaal inzien. Voor ontwerp-beheerplannen is het mogelijk om digitaal via internet een zienswijze in te dienen.
Definitieve beheerplannen
Als het beheerplan definitief vastgesteld is, kunnen belanghebbenden beroep instellen bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. Belanghebbenden zijn (rechts)personen die rechtstreeks gevolgen ondervinden van de beheerplannen, maar dan moeten zij wel voor het betreffende ontwerp-beheerplan een zienswijze ingediend hebben, of het niet eens zijn met het definitieve beheerplan door een wijziging ten opzichte van het ontwerp.
Digitale inzage beheerplannen
Het is mogelijk om Natura 2000-beheerplannen digitaal in te zien. De beheerplannen met bijlagen van de provincies kunnen worden opgehaald van de website van BIJ12. De beheerplannen van Noordzee, Waddenzee, Deltagebied en IJsselmeer kunt u vinden op de website van Rijkswaterstaat.