Bij elk Natura 2000-gebied is er één organisatie voortouwnemer voor het opstellen en uitvoeren van het beheerplan. Dat is één van de provincies, het ministerie van Defensie of het Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat. Inmiddels is de lijst officieel vastgesteld (6-4-2020) en op deze website raadpleegbaar.
Deze informatie is ook beschikbaar op het tabblad Introductie van ieder gebied.
| Gebiedsnr | Gebiedsnaam | Voortouwnemer |
|---|---|---|
| 1 | Waddenzee | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 2 | Duinen en Lage Land Texel | provincie Noord-Holland |
| 3 | Duinen Vlieland | provincie Fryslân |
| 4 | Duinen Terschelling | provincie Fryslân |
| 5 | Duinen Ameland | provincie Fryslân |
| 6 | Duinen Schiermonnikoog | provincie Fryslân |
| 7 | Noordzeekustzone | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 8 | Lauwersmeer | provincie Groningen |
| 9 | Groote Wielen | provincie Fryslân |
| 10 | Oudegaasterbrekken, Fluessen en omgeving | provincie Fryslân |
| 11 | Witte en Zwarte Brekken | provincie Fryslân |
| 12 | Sneekermeergebied | provincie Fryslân |
| 13 | Alde Feanen | provincie Fryslân |
| 14 | Deelen | provincie Fryslân |
| 15 | Van Oordt’s Mersken | provincie Fryslân |
| 16 | Wijnjeterper Schar | provincie Fryslân |
| 17 | Bakkeveense Duinen | provincie Fryslân |
| 18 | Rottige Meenthe & Brandemeer | provincie Fryslân |
| 19 | Leekstermeergebied | provincie Drenthe |
| 20 | Zuidlaardermeergebied | provincie Groningen |
| 21 | Lieftinghsbroek | provincie Groningen |
| 22 | Norgerholt | provincie Drenthe |
| 23 | Fochteloërveen | provincie Drenthe |
| 24 | Witterveld | ministerie van Defensie |
| 25 | Drentsche Aa-gebied | provincie Drenthe |
| 26 | Drouwenerzand | provincie Drenthe |
| 27 | Drents-Friese Wold & Leggelderveld | provincie Drenthe |
| 28 | Elperstroomgebied | provincie Drenthe |
| 29 | Holtingerveld | provincie Drenthe |
| 30 | Dwingelderveld | provincie Drenthe |
| 31 | Mantingerbos | provincie Drenthe |
| 32 | Mantingerzand | provincie Drenthe |
| 33 | Bargerveen | provincie Drenthe |
| 34 | Weerribben | provincie Overijssel |
| 35 | De Wieden | provincie Overijssel |
| 36 | Uiterwaarden Zwarte Water en Vecht | provincie Overijssel |
| 37 | Olde Maten & Veerslootslanden | provincie Overijssel |
| 38 | Rijntakken | provincie Gelderland |
| 39 | Vecht- en Beneden-Reggegebied | provincie Overijssel |
| 40 | Engbertsdijksvenen | provincie Overijssel |
| 41 | Boetelerveld | provincie Overijssel |
| 42 | Sallandse Heuvelrug | provincie Overijssel |
| 43 | Wierdense Veld | provincie Overijssel |
| 44 | Borkeld | provincie Overijssel |
| 45 | Springendal & Dal van de Mosbeek | provincie Overijssel |
| 46 | Bergvennen & Brecklenkampse Veld | provincie Overijssel |
| 47 | Achter de Voort, Agelerbroek & Voltherbroek | provincie Overijssel |
| 48 | Lemselermaten | provincie Overijssel |
| 49 | Dinkelland | provincie Overijssel |
| 50 | Landgoederen Oldenzaal | provincie Overijssel |
| 51 | Lonnekermeer | provincie Overijssel |
| 53 | Buurserzand & Haaksbergerveen | provincie Overijssel |
| 54 | Witte Veen | provincie Overijssel |
| 55 | Aamsveen | provincie Overijssel |
| 56 | Arkemheen | provincie Gelderland |
| 57 | Veluwe | provincie Gelderland |
| 58 | Landgoederen Brummen | provincie Gelderland |
| 60 | Stelkampsveld | provincie Gelderland |
| 61 | Korenburgerveen | provincie Gelderland |
| 62 | Willinks Weust | provincie Gelderland |
| 63 | Bekendelle | provincie Gelderland |
| 64 | Wooldse Veen | provincie Gelderland |
| 65 | Binnenveld | provincie Utrecht |
| 69 | De Bruuk | provincie Gelderland |
| 70 | Lingegebied & Diefdijk-Zuid | provincie Gelderland |
| 71 | Loevestein, Pompveld & Kornsche Boezem | provincie Gelderland |
| 72 | IJsselmeer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 73 | Markermeer & IJmeer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 74 | Zwarte Meer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 75 | Ketelmeer & Vossemeer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 76 | Veluwerandmeren | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 77 | Eemmeer & Gooimeer Zuidoever | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 78 | Oostvaardersplassen | provincie Flevoland |
| 79 | Lepelaarplassen | provincie Flevoland |
| 81 | Kolland & Overlangbroek | provincie Utrecht |
| 82 | Uiterwaarden Lek | provincie Utrecht |
| 83 | Botshol | provincie Utrecht |
| 84 | Duinen Den Helder - Callantsoog | provincie Noord-Holland |
| 85 | Zwanenwater & Pettemerduinen | provincie Noord-Holland |
| 86 | Schoorlse Duinen | provincie Noord-Holland |
| 87 | Noordhollands Duinreservaat | provincie Noord-Holland |
| 88 | Kennemerland-Zuid | provincie Noord-Holland |
| 89 | Eilandspolder | provincie Noord-Holland |
| 90 | Wormer- en Jisperveld & Kalverpolder | provincie Noord-Holland |
| 91 | Polder Westzaan | provincie Noord-Holland |
| 92 | Ilperveld, Varkensland, Oostzanerveld & Twiske | provincie Noord-Holland |
| 93 | Polder Zeevang | provincie Noord-Holland |
| 94 | Naardermeer | provincie Noord-Holland |
| 95 | Oostelijke Vechtplassen | provincie Noord-Holland |
| 96 | Coepelduynen | provincie Zuid-Holland |
| 97 | Meijendel & Berkheide | provincie Zuid-Holland |
| 98 | Westduinpark & Wapendal | provincie Zuid-Holland |
| 99 | Solleveld & Kapittelduinen | provincie Zuid-Holland |
| 100 | Voornes Duin | provincie Zuid-Holland |
| 101 | Duinen Goeree & Kwade Hoek | provincie Zuid-Holland |
| 102 | De Wilck | provincie Zuid-Holland |
| 103 | Nieuwkoopse Plassen & De Haeck | provincie Zuid-Holland |
| 104 | Broekvelden, Vettenbroek & Polder Stein | provincie Zuid-Holland |
| 105 | Zouweboezem | provincie Utrecht |
| 106 | Boezems Kinderdijk | provincie Zuid-Holland |
| 107 | Donkse Laagten | provincie Zuid-Holland |
| 108 | Oude Maas | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 109 | Haringvliet | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 110 | Oudeland van Strijen | provincie Zuid-Holland |
| 111 | Hollands Diep | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 112 | Biesbosch | provincie Noord-Brabant |
| 113 | Voordelta | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 114 | Krammer-Volkerak | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 115 | Grevelingen | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 116 | Kop van Schouwen | provincie Zeeland |
| 117 | Manteling van Walcheren | provincie Zeeland |
| 118 | Oosterschelde | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 119 | Veerse Meer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 120 | Zoommeer | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 121 | Yerseke en Kapelse Moer | provincie Zeeland |
| 122 | Westerschelde & Saeftinghe | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 123 | Zwin & Kievittepolder | provincie Zeeland |
| 124 | Groote Gat | provincie Zeeland |
| 125 | Canisvliet | provincie Zeeland |
| 126 | Vogelkreek | provincie Zeeland |
| 127 | Markiezaat | provincie Noord-Brabant |
| 128 | Brabantse Wal | provincie Noord-Brabant |
| 129 | Ulvenhoutse Bos | provincie Noord-Brabant |
| 130 | Langstraat | provincie Noord-Brabant |
| 131 | Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen | provincie Noord-Brabant |
| 132 | Vlijmens Ven, Moerputten & Bossche Broek | provincie Noord-Brabant |
| 133 | Kampina & Oisterwijkse Vennen | provincie Noord-Brabant |
| 134 | Regte Heide & Riels Laag | provincie Noord-Brabant |
| 135 | Kempenland-West | provincie Noord-Brabant |
| 136 | Leenderbos, Groote Heide & De Plateaux | provincie Noord-Brabant |
| 137 | Strabrechtse Heide & Beuven | provincie Noord-Brabant |
| 138 | Weerter- en Budelerbergen & Ringselven | provincie Limburg |
| 139 | Deurnsche Peel & Mariapeel | provincie Noord-Brabant |
| 140 | Groote Peel | provincie Noord-Brabant |
| 141 | Oeffelter Meent | provincie Noord-Brabant |
| 142 | Sint Jansberg | provincie Limburg |
| 143 | Zeldersche Driessen | provincie Limburg |
| 144 | Boschhuizerbergen | provincie Limburg |
| 145 | Maasduinen | provincie Limburg |
| 146 | Sarsven en De Banen | provincie Limburg |
| 147 | Leudal | provincie Limburg |
| 148 | Swalmdal | provincie Limburg |
| 149 | Meinweg | provincie Limburg |
| 150 | Roerdal | provincie Limburg |
| 151 | Abdij Lilbosch & voormalig Klooster Mariahoop | provincie Limburg |
| 152 | Grensmaas | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 153 | Bunder- en Elsloërbos | provincie Limburg |
| 154 | Geleenbeekdal | provincie Limburg |
| 155 | Brunsummerheide | provincie Limburg |
| 156 | Bemelerberg & Schiepersberg | provincie Limburg |
| 157 | Geuldal | provincie Limburg |
| 158 | Kunderberg | provincie Limburg |
| 159 | Sint Pietersberg & Jekerdal | provincie Limburg |
| 160 | Savelsbos | provincie Limburg |
| 161 | Noorbeemden & Hoogbos | provincie Limburg |
| 162 | Abtskolk & De Putten | provincie Noord-Holland |
| 163 | Vlakte van de Raan | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 164 | Doggersbank | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 165 | Klaverbank | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 166 | Friese Front | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |
| 167 | Maas bij Eijsden | ministerie van Infrastructuur en Waterstaat |